12سال پیش از زمان داستان، نوری عظیم زمین را فرا می گیرد و بعد از خاموش شدن آن، تعدادی از مردم زمین قابلیت های فراطبیعی به دست می آورند. با گذشت زمان، این افراد که به عنوان "تغییر یافته" شناخته می شوند، باعث جنایت و تخریب زیادی در دنیا می شوند. به همین علت، جزیره ای زندان مانند به نام "منطقه D" ساخته می شود تا این افراد در آنجا نگه داری شوند. داستان درباره پسری خجالتی و ناراضی از تغییر یافته بودن خود، ساتورو ایدا است که دستگیر شده و در شرف فرستاده شدن به این زندان است...