با استقرار مجدد مجی (Meiji) و منسوخ شدن سیستم سامورایی، نینجا هایی که روزگاری باعث ترس و وحشت و مورد احترام مردم بودند حالا برای ادامه ی فعالیت خود به اجبار مخفی شدند. در دنیای معاصر، نیاکان این قبیله ها می توانند با فعالیت کردن به عنوان نگهبان و بادیگارد افراد مشهور، هنر و آموزه های نینجایی خود را به کار گیرند. کیریو میکاگه دختر CEO ی شرکت دهکده ی سایه (Shadow Village Company)، یک شرکت امنیتی، یکی از نینجا های محافظ است، و از کودکی توسط پدر خود تعلیم دیده. میکاگه از طرف یکی از مشتریان شرکت به نام جیمر جی راد (James G Rod) که او را از سن ۱۰ سالگی می شناخته، حمایت می شود. جیمز که همسر و دخترش توسط دشمنانش کشته شدند، میکاگه را جای دختر خودش می بیند در حالی که میکاگه به او علاقمند است. جیمز به میکاگه پیشنهاد می دهد که او را به فرزندی بگیرد تا میکاگه هم زندگی یک دختر معمولی را داشته باشد و به مدرسه برود. میکاگه از طرفی به خاطر احساساتش نسبت به جیمز و از طرف دیگر هم به خاطر مجازات ترک قبیله اش که مرگ می باشد، دو دل است. ولی قبل از این که تصمیمی بگیرد جیمز کشته شده و میکاگه بعد از مرگش متوجه می شود که جیمز پولی را در قبال آزادیش به قبیله داد است و میکاگه تصمیم می گیرد برای شادی روح او آرزویش را برآورده کرده و به ژاپن برگشته تا به مدرسه برود.