حوادث در سال 1999 بوقوع می پیوندد. پایان دنیا نزدیک است و ابر انسانها در شهر توکیو ( میدان نبرد یا آرماگدون) دور هم جمع شده اند. بازیگر کلیدی در این روز حساب ، کامویی شیرو هست ، پسری جوان که پس از یک غیبت شش ساله براای محافظت از عزیزانش کوتوری و فونا مونو و تحقق بخشیدن به آرزوی دیرین مادرش به توکیو بازمی گردد. نادانسته کامویی و فونا برای مبارزه با یکدیگر در آخرالزمان برگزیده می شوند. نیمه اول سری ایکس به جمع آوری سرباز برای آغاز جنگ در پایان دنیا متمرکز شده است و نیمه دوم داستان در برگیرنده نقشی برای کامویی به عنوان قهرمان و نجات بخش جهان از یک نابودی حتمی می باشد. داستان ، روایت سفر قهرمانانه کامویی به جاهای گوناگون است ، کسی که در انتخابهایش مصمم است و دیده می شود که چگونه با تلاش هایش ، توانایی آنرا دارد که دنیای پیرامون خود را طوری تحت تاثیر قرار دهد که میان سرنوشت دوگانه اش صلح برقرار شود.